Николай Якимов с 1985 года и по настоящее время профессионально связан с театром. Работал заведующим музыкальной частью Челябинского областного театра кукол, Ленинградского театра кукол-марионеток, музыкальным руководителем Международной мастерской театра синтеза и анимации «INTERSTUDIO» (Царское Село), Театра Юношеского Творчества (Санкт-Петербург) и др. Участвовал в постановках спектаклей многих театров России: помимо указанных, в Псковском театре кукол, Новом драматическом театре Москвы, театральном центре «Балтийский Дом», Национальном драматическом театре Карелии, Театре на Литейном, Новосибирском «Красном Факеле», Театре русской драмы Риги и др. Сотрудничал с режиссерами Е. Ланцовым, М. Хусидом, В. Исаковым, Ю. Соболевым, М. Славским, О. Николаенко, А. Прикотенко, Т. Кулябиным. Совместно с Е. Ибрагимовым поставил спектакли «Золотой ключ» в Московском губернском театре, «Блаженный остров» в театре KARLSSON.HAUS (Санкт-Петербург, премия «Золотой софит», лонг-лист «Золотой Маски», 2017), «Когда я стану маленьким» (БДТ, премия за лучший спектакль от фестиваля «АРЛЕКИН», 2017), «Кондратий Феодосийский и Шиш» (БДТ, Каменноостровский театр).

В Норильске работал над созданием музыки к спектаклям «Сны Белой земли» (режиссера Евгения Ибрагимова), «Как Циолковский летал на Луну» (режисера Тимура Файрузова).